[ Started: 2023-05-21 00:52:48 CEST ] [ mistyR v1.8.0 for BioC-3.16 from https://github.com/saezlab/mistyR@master ] * checking for file ‘./DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘mistyR’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘mistyR.Rmd’ using rmarkdown Progress: ──────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100% Progress: ────────────────────────────────────────────────────── 100%Quitting from lines 153-154 (mistyR.Rmd) Error: processing vignette 'mistyR.Rmd' failed with diagnostics: ℹ In index: 1. Caused by error in `dyn.load()`: ! unable to load shared object '/home/omnipath/local/R/4.2-3.16/ridge/libs/ridge.so': libgsl.so.23: cannot open shared object file: No such file or directory --- failed re-building ‘mistyR.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘mistyR.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted [ Finished: 2023-05-21 00:53:09 CEST ]